Mạc Đăng Dung lấy danh nghĩa Thống Nguyên Đế để đánh nhau với phe Chiêu Tông. Mọi việc trong triều đình Thăng Long đều do Đăng Dung quyết định. Tuy nhiên thanh thế của Chiêu Tông rất lớn, Mạc Đăng Dung yếu hơn phải rút sang vùng Hải Dương phía đông, các xứ phía Nam, Tây, Bắc đều đi theo Chiêu Tông.

Năm 1522, Vĩnh Hưng bá Trịnh Tuy ở Thanh Hóa ra cần vương, bất hòa với các tướng Bắc Bộ. Trịnh Tuy mang Chiêu Tông vào Thanh Hóa, ra lệnh các đạo bãi binh. Từ đó các đạo không theo lệnh Chiêu Tông nữa. Hai mãnh tướng Nguyễn Kính, Nguyễn Áng về theo Mạc Đăng Dung. Tình thế bắt đầu thay đổi, Đăng Dung lấy danh nghĩa Thống Nguyên Đế phế Chiêu Tông làm Đà Dương vương (陀陽王), mang quân đánh Chiêu Tông, liên tiếp thắng trận.

Năm 1524, Cung Hoàng ở hành dinh Bồ Đề, tiến phong Mạc Đăng Dung làm Bình chương quân quốc trọng sự Thái phó Nhân quốc công.[2] Đăng Dung đánh bại Trịnh Tuy ở Thanh Hóa, Tuy thua trận bỏ chạy rồi chết.

Tháng 10 năm 1525, Đăng Dung dẫn toàn bộ thủy lục quân vào Thanh Hóa, bắt được Chiêu Tông, đem giải về kinh giam lỏng.

Tháng 12 năm 1526, Mạc Đăng Dung sai Bái Khê bá Phạm Kim Bảng bí mật giết Lê Chiêu Tông tại phường Đông Hà, đem chôn ở Vĩnh Hưng lăng, Thanh Đàm.